Während der gesamten Zeit der Kontrollierten Ovariellen Überstimulation verfolgt der behandelnde Gynäkologe das Wachstum der Follikel mittels transvaginalen Ultraschalls. Wenn sie die optimale Größe erreichen, wird der Gynäkologe Ihnen genaue Anweisungen geben, wie und genau zu welcher Uhrzeit Sie Pregnyl einspritzen sollen (Medikament, das die Ovulation induziert). Die Oozyten werden aus den Follikeln unmittelbar vor der Ovulation aspiriert (zwischen 34 und 36 Stunden nach der Injektion mit Pregnyl).

Die Eierstock-Follikelpunktion wird ausgeführt durch eine lange dünne Nadel, angebracht an einem vaginalen Ultraschalltreiber, der dem Arzt hilft, die Nadel durch die Wand der Vagina zu richten und in die reife Follikel einzuführen. Nachdem die Nadel den Follikel durchbohrt, werden die Eizelle und ein Teil der Follikelflüssigkeit durch eine Saugpumpe, verbunden mit der Nadel, gesaugt. Während dieser Vorgang für alle reifen Follikel in beiden Eierstöcken wiederholt wird, wird die gesammelte Flüssigkeit durch den Embriologen im benachbarten in-vitro Labor unter einem Mikroskop untersucht. Der Embryologe isoliert die Oozyten und überträgt sie in eine spezielle Flüssigkeit, genannt Kulturmedium, damit sie später in vitro befruchtet werden können.

Die Eierstock-Follikelpunktion wird unter Narkose durchgeführt, so dass es schmerzlos für die Patientin ist. Sie wacht etwa 5 bis 10 Minuten nach dem Eingriff, jedoch bleibt sie unter Beobachtung im Aufwachraum für weitere anderthalb bis zwei Stunden.